我们医院跟进货好多一部分到付的，物流公司说我们开不了发票，总部才可以开就这样打发我们我们该怎么办

1.你是指货到支付运费，是吗？如果是这样的话，物流公司在你支付货款时，应该开具发票。 
2.索取发票是你的权利，开具发票是对方的义务。如果对方不开具发票，或者对方企业自己承接并且运输，而由第三方开具发票，这涉嫌虚开增值税发票，达到一定金额可能涉嫌犯罪。你可以告知对方的后果，并且可以通过税务局违法犯罪案件举报中心进行举报，物流公司会受到处罚的，他的这种行为。 
3.税务判断虚开一般会要求三流一致：“三流一致”是指资金流、发票流和货物流相互统一，具体而言是指不仅收款方、开票方和货物销售方或劳务提供方必须是同一个经济主体，而且付款方、货物采购方或劳务接受方必须是同一个经济主体。