甲方在南充，我们乙方公司也在南充，然后分包的项目在重庆，是不是也要开外经证

您好，需要的。首先外经证改为跨区域涉税事项报告表了。企业跨区域临时从事生产经营活动的，不再开具《外出经营活动税收管理证明》，改向机构所在地的国税机关填报《跨区域涉税事项报告表》 
其次，需要开具的，因为您需要在项目所在地预缴税款。建筑业单位和个体工商户（以下简称纳税人）在其机构所在地以外的县（市、区）提供建筑服务，要向建筑服务发生地主管国税机关预缴税款，向机构所在地主管国税机关申报纳税。 
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