跨地区经营，总分支机构如何预缴企业所得税

问：我公司是一家在北京的全国性国有企业，各大区设有分公司，分公司下设有业务部，业务部属于公司三级机构，根据《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》，业务部不需要在当地预缴企业所得税，但目前部分业务部所在地税务机关强行要求预缴企业所得税，若不缴纳将按照抗税处理，其中有一个业务部已被迫缴纳了税款，请问，遇到这种情况时我公司应该如何处理？
答：根据《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）第十条规定，总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。具有独立生产经营职能部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的，具有独立生产经营职能的部门不得视同一个分支机构，不就地预缴企业所得税。
第十一条规定，不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级及以下分支机构，不就地预缴企业所得税。
如你公司确属于上述规定中二级以下分支机构，则不需就地预缴企业所得税。
至于当地税务机关强行要求你公司预缴企业所得税，你公司应就此问题与税务机关进行沟通，税务机关即使对你公司做出相关处理决定，也不能直接以抗税处理，需要下达相关的法律文书，同时，你公司也可以保留申请行政复议的权利。