已认证的增值税发票又作废了该如何处理？

一、购货方已将发票认证，信息已上传，无法删除，而对方已将发票作废，稽核系统将出现比对不符，税务总局将肯定会通过《增值税抵扣凭证审核检查管理系统》下发核查信息给购货方的主管税务机关，要求核实原因的。      
二、购货方已将发票抵扣进项税额的处理  接到系统下发的比对异常协查信息后，如果购货方已将该发票申报抵扣，按规定，其主管税务机关应通过《增值税抵扣凭证审核检查管理系统》向销售方主管税务机关发出协查信息。   
销售方主管税务机关到销售方企业实地核实发票作废原因以及抄报税情况，并通过系统回函给购货方主管税务机关。