公司于2008年2009年产生经营亏损，根据国税发2004年82号文相关规定，公司于2010年自行进行了亏损弥补，但今年稽查中对公司亏损认为未经备案，所以不予弥补，现咨询该做法是否妥当。

根据《江苏省地税局关于印发<企业所得税后续管理工作规程>的通知》（苏地税发〔2009〕69号）的规定，亏损弥补属于自行申报类项目，纳税人在企业所得税申报时，按税收规定直接计算应纳税所得额或减免税额。亏损弥补项目，附报有资质的中介机构的鉴证报告，具体由各省辖市局明确报送企业范围；不报送鉴证报告的，省辖市局可确认其他亏损弥补管理方式。上述亏损弥补税务机关不予认可的原因，有可能是您企业企业所得税年度申报时,未向主管税务机关附报有资质的中介机构的鉴证报告，并且截止税务机关本次稽查结束前也未能报送有资质的中介机构的鉴证报告，稽查人员暂未认可此项亏损弥补。