请问员工转公司账户以往来款的方式，员工辞职后，不以公司给员工转往来款的方式销账，公司的与员工之间的往来怎么处理好？

首先，关于员工辞职后，不以公司给员工转往来款的方式销账的问题：原则上，员工辞职时，公司应当根据实际情况，与员工签订书面协议，明确员工既往款项的收回或划拨方式。例如，可以将剩余的款项通过转账的方式转入至员工指定的账户；也可以将剩余的款项转出抵扣员工未付清的款项；或者由公司向员工发放未付款项的现金。 
 
总之，两方应该根据当地的法律法规，以及具体的实际情况，制定协议，以便将双方的往来款项收回或划拨妥善处理。同时，也要注意及时申报税款，以免出现违规情况。