老师您好！我司是总分机构。总部在上海，分公司在外地。上海总部季度申报所得税时，上传财务报表-资产负债表和利润表。是应该上传合并报表，还是只要上海总部单独的报表就行？

根据《中华人民共和国企业所得税法》的规定，申报企业应按照其实际情况，在纳税期限内提交财务报表，具体可以提交上传合并报表也可以提交单独的报表。由于上海分公司是依附于总公司的，上海总部申报时，应当提交总公司及其依附单位的财务报表，而不是只提交总公司的报表。因此，在上海总部申报所得税时，需要上传合并报表，并将各依附单位报表分别进行上传。 
 
拓展知识：为了方便查核，企业在提交财务报表时应当准备好税后财务报告、税前财务报表及其它财务报告，如现金流量表等，并进行汇总报表及报表附注等的编制，满足税务机关的审核要求。