支付水电费取得增值税专用发票，注明增值税税额3万元，其中5％用于企业职工浴室和食堂。

根据您提供的信息，企业支付水电费并取得了增值税专用发票，发票上注明的增值税税额为3万元。其中5%的水电费用于企业职工浴室和食堂。
首先，企业需要将水电费按照用途进行分类，分为生产用水电和非生产用水电。生产用水电是指用于企业生产活动的用水电，而非生产用水电是指用于企业日常办公、职工宿舍、浴室和食堂等非生产性活动的用水电。
对于生产用水电，企业可以根据增值税专用发票上注明的增值税税额进行进项税额抵扣。对于非生产用水电，由于是用于非应税项目（如职工浴室和食堂），企业不能将其作为进项税额进行抵扣，而应该将这部分税额计入成本费用中。
因此，对于您的情况，企业需要将5%的水电费计入职工浴室和食堂的成本中，并在会计处理中将这部分税额与水电费一起计入成本科目。同时，企业可以将剩余的95%水电费作为进项税额进行抵扣。