没太明白，员工给我们APP充值的1000给客户办理了退款，但这个1000没有直接进我们银行账户里，是在APP里，APP每天的收入是要第二天提现到银行卡里，员工垫的1000为什么借方会有银行催款

员工垫付的1000元在APP里作为收入，但未直接进入银行账户，而是作为APP内的资金。然而，如果员工没有及时将该款项提现到银行卡，银行可能会催款。
这可能是因为银行在处理该款项时，将其视为待结算的交易。银行系统会自动将其列入待结算状态，并等待第二天的结算周期将其提现到银行卡。
然而，如果员工未能在规定时间内完成结算，银行可能会发出催款通知。这是因为银行需要确保所有交易都得到正确的处理和结算，以维护其自身的财务稳健性。
因此，当员工垫付的1000元未能在规定时间内结算到银行卡时，银行系统会将其视为未结算的交易，并可能发出催款通知。