资本公积确认问题

基本情况：有限责任公司,2010年成立的，股东是两个自然人，2014年增资到5000万，资金已到位，之后中间经历了几次股东的变更，但都只是在工商局备案,公司并未收到新股东的投资款，2015年9月，又新增加了一个新的法人股东，营业执照上的注册资本5000万保持不变，只是做了股权变更，然后这个新加入的法人股东打了100万的项目款进来，请问这100万我是做实收资本还是资本公积？为什么？（实际新进来的法人股东所占的股份比例资金不止100万）