企业购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的买价和9%的扣除率计算进项税额，按照农产品买价扣除进项税额后的差额计入农产品的入账成本。该批农产品应确认的增值税进项税额＝50000×9%＝4500（元），则农产品的入账成本＝50000－4500＝45500（元）。
账务处理如下：
借：原材料 45500
应交税费——应交增值税（进项税额）4500
贷：银行存款 50000
故选C。