A公司同一控制企业合并取得长期股权投资的初始投资成本=相对于最终控制方而言的净资产账面价值份额+最终控制方收购被合并方形成的商誉=12 000×80%+（8 000-9 000×80%）=10 400（万元），应确认的资本公积=10 400-10 000=400（万元）（贷方），选项D正确。