申请人申请行政许可，应当如实向行政机关提交有关材料和反映真实情况，并对其申请材料实质内容的真实性负责。所以选项A正确。根据《行政许可法》的规定，市政府“可以”组织上述四个职能部门联合办理，也可以确定一个部门统一办理，还可以组织上述四个职能部门集中办理。所以选项B错误，选项E正确。建设化工厂直接涉及附近居民的重大利益，根据规定，行政许可直接涉及申请人与他人之间重大利益关系的，行政机关在作出行政许可决定前，应当告知申请人、利害关系人享有要求听证的权利。所以选项C正确。行政许可采取统一办理或者联合办理、集中办理的，办理的时间不得超过45日。题干中并未明确采取上述方式办理，而且45日还可以延长15日。所以选项D错误。