本题考核行政许可的审查与决定程序。审查分两种：一种是形式审查，看申请材料是否齐全、是否符合法定形式；另一种是实质审查，对申请材料的实质内容，就其真实性、合法性进行书面审查。所以选项A正确，选项B错误。如果认为申请人提交的材料不足以证明其已经符合行政许可的条件，可以要求申请人补充材料，但是不得要求申请人重复提供材料。所以选项C错误。行政机关作出准予行政许可的决定，需要颁发行政许可证件的，应当向申请人颁发加盖本行政机关印章的行政许可证件。所以选项D正确。依法应当先经下级机关审查后报上级机关决定的行政许可，下级行政机关的审査意见只是初步的，上级行政机关作出的决定才是正式的决定。上级行政机关是这种情况下的行政许可权主体。所以选项E正确。