该企业当年应缴纳的房产税计算如下：


1. **自用房产（全年2000万元原值）**
房产税 = 2000万元 × (1 - 20%) × 1.2% = 19.2万元


2. **出租房产（1000万元原值，前3个月自用，后9个月出租）**
- **自用期间（1-3月）**
房产税 = 1000万元 × (1 - 20%) × 1.2% × (3/12) = 2.4万元
- **出租期间（4-12月）**
租金收入 = 5万元/月 × 9个月 = 45万元
房产税 = 45万元 × 12% = 5.4万元
- **合计出租部分房产税** = 2.4 + 5.4 = 7.8万元


3. **全年应纳房产税总额**
19.2万元（自用） + 7.8万元（出租） = **27万元**


**答案：27万元**