选项A、B、C，抓住关键词：“转让土地使用权”“整体转让”和“全部”，均体现100%的概念，属于纳税人“应当”进行土地增值税清算的情形；选项D，属于主管税务机关“可要求”纳税人进行土地增值税清算的情形。