对税务所（分局）、各级税务局的稽查局的具体行政行为不服的，向其所属税务局申请行政复议。在本题中，甲公司对M市税务局直属稽查局的具体行政行为不服，应向其所属税务局申请行政复议，即M市税务局。故选A。