管理系统软件应该按照购买价款的现值4546万元作为入账价值,2017年无形资产的摊销额=4546÷5×6/12=454.6(万元),选项A正确;2017年年末未确认融资费用摊销额=[4000-(5000-4546)]×5%×6/12=88.65(万元),选项B正确;2017年年末无形资产的账面价值=4546-454.6=4091.4(万元),选项C正确;2017年年末长期应付款的账面价值=4000-(454-88.65)=3634.65(万元),选项D正确。