员工是否可以分别在母子公司发工资

员工可以分别在母子公司发工资，但是计算个税的时候，总公司和子公司分别就各自发放的工资计算代扣代缴个人税，只能由支付单位中的一方按减除费用标准减除其费用；按照《中华人民共和国个人所得税法》规定：取得的两处以上工薪所得的个人必须自行申报纳税。