未收到发票但已经抵扣怎么办

未收到发票是不可以抵扣的。

根据国家税务总局公告2019年第45号规定：增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票，取消认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限。纳税人在进行增值税纳税申报时，应当通过本省（自治区、直辖市和计划单列市）增值税发票综合服务平台对上述扣税凭证信息进行用途确认。

所以只有当收到增值税专用发票等可以进行认证、抵扣的发票时，方可进行发票勾选认证等操作。

补充：未收到发票抵扣的处理是什么？

已将未收到发票进行抵扣，对于发票后续可收回的，我们要跟销售方协商，由销售方提供该发票的复印件，企业先根据对应的的金额和税额等发票内容进行入账，待企业实际收到该发票时，再将原件贴入对应凭证后；如果收不回来的，要做进项税的转出操作。