老师职工体检费列入管理费用的哪个二级科目？用合并申报个税吗？

不需要扣个人所得税，可以用体检发票抵扣。
根据《个人所得税法》
第四条 下列各项个人所得，免纳个人所得税：
一、省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金；
二、国债和国家发行的金融债券利息；
三、按照国家统一规定发给的补贴、津贴；
四、福利费、抚恤金、救济金；
五、保险赔款；
六、军人的转业费、复员费；
七、按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、退休工资、离休工资、离休生活补助费；
八、依照我国有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事官员和其他人员的所得；
九、中国政府参加的国际公约、签订的协议中规定免税的所得；
十、经国务院财政部门批准免税的所得。