怎么计算该公司应缴土地增值税

你这个题目太老了，不建议你计算，因为09年还是缴纳营业税，现在都是缴纳增值税了，而且房地产现在土增清算还区分老项目和新项目，对于计算可以税前扣除的与转让相关税金影响很大，给你讲下解题思路吧:
1、先计算可以扣除项目金额（包括土地成本、建造成本、税金、开发费用及利息、加计扣除等）
2、计算收入
3、收入－扣除项目金额=增值额
4、增值额/扣除项目金额=增值率
5、按税率计算税额
基本步骤如下：
计算土地增值税的公式为：应纳土地增值税＝增值额×税率
公式中的“增值额”为纳税人转让房地产所取得的收入减除扣除项目金额后的余额。
注意扣除项目中的开发费用和利息万要分两种情况，第一种利息是从金融机构借款并能区分到项目上，则开发费用是按土地成本与建造成本合计的5%计算，利息据实扣除。第二种，利息不是从金融机构借款，或者无法区分，则是按土地成本和建造成本合计数10%确认开发费用和利息。
扣除项目里的加计扣除，是按土地成本和建造成本合计数的20%计算得出。
计算出增值率后，适用税率为:
增值额未超过扣除项目金额50％的部分，税率为30％。
增值额超过扣除项目金额50％、未超过扣除项目金额100％的部分，税率为40％。
增值额超过扣除项目金额100％、未超过扣除项目金额200％的部分，税率为50％。
增值额超过扣除项目金额200％的部分，税率为60％。
  上面所列四级超率累进税率，每级“增值额未超过扣除项目金额”的比例，均包括本比例数。