我公司开出的增值税专用发票丢失怎么办？

您好，1.可按以下步骤解决：
（1）不要作废该张发票，恰恰相反，您要去报税，并到您的主管所开具《丢失防伪税控增值税专用发票已报税证明单》。
快递公司丢失，客户没收到，你熬联系快递公司，让快递公司出具一份证明，内容包括所丢失发票的信息，如代码，号码，日期，购方税号等，落款是快递公司，并让快递公司盖好公章。
（2）拿盖有快递公司公章的证明去税务局办理发票遗失申明。
带上你单位公章去税务局填写一式三联发票遗失申明，税务局会给你两份发票扣税证明单（注：需要在你这张发票做账，税款扣完以后才能去办理。）办理发票遗失申明需要400块钱。   
（3） 把记账联复印2份，加盖你们单位公章，税务局出具的已报税证明单，寄给客户，客户凭此单去他们税务局办理抵扣事项，发票复印件做账。 
如果不做发票遗失申明，税务局查出来要罚款的，不能重新开具，不然你们要重复交税。
（4）如果你是销方的，应该是要登报。
2.废票税局机关会核查的，丢失和作废的发票区别如下：
依据国税发[2002]10号《关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票有关税务处理问题的通知》规定：
一、一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前已通过防伪税控认证系统的认证，
购货单位可凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”，
经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。
二、一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前未通过防伪税控认证系统的认证，
购货单位应凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件到主管税务机关进行认证，
认证通过后可凭该发票复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”，
经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。
对于同一笔业务不能重复开具发票，没有真实合法的原始凭证不能入账。

扩展资料：
根据《国家税务总局关于被盗、丢失增值税专用发票的处理意见的通知》（国税函发292号）规定：
纳税人必须严格按《增值税专用发票使用规定》保管使用专用发票，对违反规定发生被盗、丢失专用发票的纳税人，
主管税务机关必须严格按《中华人民共和国税收征收管理法》和《中华人民共和国发票管理办法》的规定，
处以一万元以下的罚款，并可视具体情况，对丢失专用发票的纳税人，在一定期限内（最长不超过半年）停止领购专用发票。
对纳税人申报遗失的专用发票，如发现非法代开、虚开问题的，该纳税人应承担偷税、骗税的连带责任。