空运提单上的毛重和我做的报关资料上的毛重不一致，会不会货代那边修改报关资料的毛重，使他与实际毛重即空运提单上的毛重一致？

一般不会的。
在空运的时候，提单上的毛重是货代根据是实际的货物重新量过的，跟你出厂时的报关数据可能存在少许的差别,但这不影响。
而且在运费到付的情况下，货代也不会更改提单上的毛重(一般情况下他们称的重量要比你们报关时要重),因为货代要根据这个毛重和客户算运费。
还有一种情况，就是有些货代做的会比较全面,他们报关的时候,报关单会改成自己的称的重量，为做到报关单和提单上的数据一致，不影响发货人的走货的退税等事宜。