医疗单位购买发票存根遗失怎么办

《全国发票管理办法》第四章第30条：开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存五年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。
《全国发票管理办法》第六章第36条：违反发票管理法规的行为包括：（一）未按照规定印制发票或者生产发票防伪专用品的；（二）未按照规定领购发票的；（三）未按照规定开具发票的；（四）未按照规定取得发票的；（五）未按照规定保管发票的；（六）未按照规定接受税务机关检查的。对有前款所列行为之一的单位和个人，由税务机关责令限制改正，没收非法所得，可以并处一万元以下的罚款。有前款所列两种或者两种以上行为的，可以分别处罚。
《全国发票管理办法实施细则》第四章 第41条 使用发票的单位和个人应当妥善保管发票，不得丢失。发票丢失，应于丢失当日书面报告主管税务机关，并在报刊和电视等传播媒介上公告声明作废。
根据以上条款之规定，你应主动向税务机关书面报告，在报刊和电视等传播媒介上公告声明作废(一般在《中国税务报》上声明作废），拿出整改措施，接受税务机关的处罚，否则难于再领用发票。