公司委托证券公司发行普通股票，18股，每股面值两元，按发行收入0.5%支付手续费，并直接从发行收入中扣取收到款项存入银行的会计分录。

公司委托证券公司发行普通股票，18股，每股面值两元，按发行收入0.5%支付手续费，并直接从发行收入中扣取收到款项存入银行的会计分录如下：应收股利准备金和发行费用等：借方金额为18股*2元=36元，贷方金额为发行收入*0.5%=0.5元；银行存款：借方金额为收到款项=35.5元，贷方金额为36元。 
 
拓展知识：发行费用是指发行股票或债券时，公司支付给有关机构（如证券商）的费用，包括：保荐费、发行费、营销和宣传费用等。