专用基金收入指的是财政部门按规定设置或从上级财政部门拨入有专门用途的风险基金。与基金预算收入的区别在于:基金预算收入按规定取得并纳入预算管理的基金，而专用基金收入是由财政部门按规定设置或取得并单独管理的资金;基金预算收入要按照预算级次解缴国库，而专用基金则开立专户储存。