厦门市国家税务局成立于1994年9月，是国家税务总局直接管理的正厅级单位，履行省级税务机关的税收管理权限，负责本辖区所属税种的征收管理和纳税服务工作。全系统现有纳税人17万户，其中增值税一般纳税人5.5万户。下辖32个正处级单位(部门)，包括16个处室、3个直属机构、5个事业单位以及8个全职能区局。全市国税系统现有在职干部职工976人，其中公务员931人，事业干部36人，工勤人员9人，离退休干部职工121人。

2018年6月15日，新组建的国家税务总局厦门市税务局正式挂牌，此举标志着原厦门市国家税务局、厦门市地方税务局正式合并。