根据《中共舟山市委办公室舟山市人民政府办公室转发<中共浙江省委办公厅浙江省人民政府办公厅关于印发舟山市人民政府机构改革方案的通知>的通知》(舟委办〔2010〕97号)，设立舟山市财政局、地方税务局。

舟山市财政局是主管地方税收工作的省地方税务局的直属机构，实行省以下垂直管理。 2018年12月29日，舟山市财政局挂舟山市国有资产监督管理委员会牌子。