云南省国家税务局成立于1994年，机构设置、干部管理、人员编制、经费开支由国家税务总局垂直管理，属于正厅(局)级国家机关，省局机关内设25个处级机构(办公室、人事处、教育处、监察室、巡视工作办公室、机关党委办公室、机关工会、离退休干部处、货物和劳务税处、所得税处、征管和科技发展处、纳税服务处、收入规划核算处、财务管理处、督察内审处、政策法规处、大企业和国际税务管理处、稽查局、信息中心、机关服务中心、税收科学研究所、注册税务师管理中心、税务学会、云南省税务干部学校、《中国税务报》社驻云南记者站)，下设16个州、市国家税务局，137个县、市、区国家税务局和215个税务分局。

2018年6月15日，国家税务总局云南省税务局举行挂牌仪式，原云南省国家税务局、云南省地方税务局正式合并。