广东省国税系统机构设置与广东省内行政区域设置相一致，按照省、市、县（区、市）三个行政层级，按每一个行政单位设立一个国家税务局计，共设157个国家税务局，其中正厅级1个、副厅级1个、地市级19个和一个2011年经国家税务总局批准新成立的深汕（尾）特别合作区国家税务局（正处级）、县区级135个。2011年经国家税务总局批准新成立的深汕（尾）特别合作区国家税务局（正处级），由省局直接管理。省局机关设14个处室，1个直属单位，5个正处级事业单位，3个副处级事业单位。另设1个机关党委办公室（思想政治办公室）和1个离退休干部处。2011年经上级同意新设广东省电子税务管理办公室（正处级）。

2018年6月15日，国家税务总局广东省税务局挂牌成立，标志着原广东省国家税务局、原广东省地方税务局正式合并。[1]