南通市财政局是南通市政府下属的职能部门。负责贯彻执行国家和省、市有关财政、税收方针政策和法律法规，拟订和执行财政、税收发展战略、中长期规划、改革方案及相关政策。改革完善市、区财政管理体等。

根据《中共江苏省委、江苏省人民政府关于印发〈南通市人民政府机构改革方案〉的通知》（苏委〔2010〕19号）和《中共南通市委、南通市人民政府关于印发〈南通市人民政府机构改革实施意见〉的通知》（通委〔2010〕19号），设立市财政局，为市政府工作部门。