重庆市国家税务局于1997年6月28日正式成立。截止2012年底，全局共有干部职工6370人，离退休职工2417人。重庆市国家税务局设有16个处室，5个事业单位，下属38个区县（自治县）局，6个开发区局，1个保税港区局、5个直属单位和284个税务所（税务分局）。全市国税系统管辖纳税人57.53万户。

2018年6月15日，新组建的国家税务总局重庆市税务局挂牌成立，标志着原重庆市国家税务局、原重庆市地方税务局自此正式合并。