吉林省国家税务局于1994正式成立。全省国税系统共有干部12499人，省局内设10个行政处室、1个机关党委办公室、3个直属机构、4个事业单位，下设9个市（州）局，41个县（市）局，172个基层分局（所），负责全省32755户国有、集体股份、股份合作、联营企业，223989户个体工商业户和私营企业，以及1773户涉外企业的税收征管。

2017年11月，获第五届全国文明单位。[1]

2018年6月15日，新组建的国家税务总局吉林省税务局举行挂牌仪式，标志着原吉林省国家税务局、吉林省地方税务局正式合并。[2]