甲公司本月初原材料账户余额1万元，材料成本差异，账户贷方，余额400元，本月入库材料计划成本为4万元，本月入库材料的材料成本差异为贷方100元，计算原材料成本差异率。

根据您提供的信息，原材料成本差异率=本月入库材料的材料成本差异/本月入库材料计划成本*100%，即100元/4万元*100%=2.5%。 
 
可以进一步理解，原材料成本差异率是指本月实际入库的原材料，与预计的原材料成本之间的差异率，也就是说，原材料成本差异率反映出实际入库的原材料成本与预计成本之间的差距。原材料成本差异率越大，说明实际的成本与预计的成本之间的差异越大，物料控制能力越差。