就是网上认证系统上面的勾选认证有分为抵扣勾选和退税勾选 我有13张票是用于退税的但是选择抵扣勾选 退税会有问题吗

您好，会受影响的。  
增值税发票选择确认平台V3.0.04升级后，发票勾选增加“退税勾选”、“代办退税勾选”选项。 
 
需要提醒外贸企业注意的事，外贸企业采用确认平台勾选发票时，不能再向以前一样将用于抵扣和用于退税的发票一起选择确认了，应该通过“退税勾选”“退税确认勾选”功能完成用于出口退税的发票勾选确认。 
 
升级后有关问题明确如下： 
 
按照财税2012年39号及总局公告2012年24号有关规定，外贸企业应当单独核算出口货物，明确区分购进货物用于内销还是外销，分别进行抵扣和退税；若购进时不能确定内销或出口的，先计入出口库存账（不得进行抵扣，操作时勾选“用于出口退税”），后期确认转为内销，应按规定开具“出口转内销证明”后，在次月申报时，填写增值税申报表附表二“外贸企业进项税额抵扣证明”栏次进行抵扣（转内销证明已传递货劳处进行申报比对监控）；请及时提醒外贸企业操作时慎重勾选“用于进项抵扣”（确认用于内销的除外），经与总局确认，升级后的系统在勾选之后，无法进行用途变更，也就是说勾选“进项抵扣”后无法再用于申请出口退税，（即使再做进项转出，出口退税审核系统也无相关发票信息）。文件依据2012年24号第八条第（一）项“进项税额已计算抵扣的增值税专用发票，不得在申报退（免）税时提供”。 
 
“退税勾选”是为了防止外贸企业一票两用。出口退税收入所对应的购货增值税专用发票不得参与销项税额抵扣，“退税勾选”未出现之前内外销都有的外贸企业是否抵扣了出口退税收入所对应的购货增值税专用发票的进项税额主要靠税务机关工作人员检查，部分企业时间一长，无从查起，给税务机关带来了很大压力。“退税勾选”、“代办退税勾选”出现后，可从上游控制抵扣问题，对企业来说可以解决因为“粗心大意”，把出口退税收入所对应购货增值税专用发票进项税额参与销项税额抵减的问题，对税务来说可以解决企业“一票两用”的问题。 
 
为了避免各外贸企业出现错漏，建议大家参考如下操作： 
 
1、倒开票情况下取得的进货增值税专用发票，勾选时，一定选择“用于出口退税”； 
 
2、先票后单情况下取得的进货增值税专用发票，分以下三种情况： 
 
（1）如果能够明确用于出口退税，一定要勾选“用于出口退税” 
 
（2）如果不能明确判断是否用于出口退税，也请勾选“用于出口退税”； 
 
（3）如果很明确用于内销货物，请勾选“进项抵扣”。 
 
3、在现阶段，无论勾选“用于出口退税”，还是勾选“进项抵扣”。增值税纳税申报表填列方法暂时不变。 
 
4、生产企业用于自产货物的进项增值税发票选择“进项抵扣”。购进视同自产货物用于出口，勾选“用于出口退税”。 
 
外贸企业发票勾选的注意事项： 
 
1、发票勾选之前明确该发票对应的货物是否为出口货物，出口收入的类型（退税、免税、征税中的那种），根据相应的情况勾选，并不是出口收入所对应的购货增值税专用发票都通过“发票勾选”来勾选，已勾选确认为“抵扣”或“退税”用途的发票均不能再撤销，请慎重操作！ 
 
2、内外销产品分别开购货发票，避免出现一张购货增值税专用发票的货物有内销也有外销。 
 
3、出口退税收入所对应的购货增值税专用发票检查无误后再进行勾选， 
 
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