之前没有系统做账，现在买了软件建账，一个加工厂，2个门店。在一个帐套里面，要独立核算。门店接单，工厂加工，门店要付加工费给工厂吗？工厂收到的加工费就是它的主营业务收入？要写这笔分录吗？原材料采购都是一个帐户，全在工厂里面。核算的时候又说要把用的材料算在门店，工厂只有加工费。

在这种情况下，门店接单并支付加工费给工厂，可以视为一种委托加工关系。因此，门店可以支付加工费给工厂，同时工厂收取加工费并将其作为主营业务收入。
在会计分录方面，当工厂收到加工费时，可以将其记录为主营业务收入。这个过程的会计分录如下：
借：银行存款
贷：主营业务收入
当门店支付加工费时，可以将其记录为营业费用（或加工成本），这个过程的会计分录如下：
借：营业费用（或加工成本）
贷：银行存款
关于原材料采购的问题，如果原材料采购都是从一个帐户进行的，并且全部存放在工厂中，那么在核算时可能需要将使用的材料算在门店，而工厂只核算加工费。这种核算方式是基于原材料是由门店采购并支付费用的，而工厂只负责加工。