我们是独立核算的分公司，第一个是我们给客户开了发票了，但是客户把款打给总公司了；第二个是总公司开票了，但是款打给我们了，这样，我分公司的账怎么做

对于独立核算的分公司，您需要按照以下步骤进行账务处理：

如果分公司给客户开具了发票，但客户把款打给了总公司，您需要将该笔销售收入记入分公司的账簿中。具体来说，您需要记录销售收入对应的账户，如应收账款或银行存款，并将该笔款项在总公司和分公司之间进行转账。转账时，您需要记录转账的金额、日期和转账方式等相关信息。
如果总公司开具了发票，但款项打给了分公司，您需要将该笔款项记入总公司的账簿中。具体来说，您需要记录银行存款或现金账户的增加，并将该笔款项在总公司和分公司之间进行转账。同样，转账时需要记录转账的金额、日期和转账方式等相关信息。