青海省国家税务局由国家税务总局垂直管理，是青海省主管国家税收工作的行政机构。 1994年8月，机构分设后，青海省国家税务局成立，隶属于国家税务总局。机关内设办公室、人事处(老干部管理处)、宣传教育处、监察室、审计法制处、流转税管理处、所得税管理处、涉外税务管理处、征收管理处(发票管理处)、计划财务处、进出口税收管理处、税务稽查分局、税务检察室、机关党委、税务系统工会、税收科学研究所、税务干部教育培训中心、机关生活服务中心、计算机管理中心、省税务事务所。下辖西宁、海东、海西、海南、海北、黄南、玉树、果洛等8个州、地、市国家税务局。

2018年6月15日，新组建的国家税务总局青海省税务局在西宁市城中区文化街11号举行挂牌仪式，标志着原青海省国家税务局、青海省地方税务局正式合并。