青海省海南藏族自治州税务机构始建于1956年2月，成立初期共有52名税务工作人员，其后机构历经变动，1994年9月机构分设组建成立海南藏族自治州国家税务局。

海南州国家税务局隶属于青海省国家税务局，正处级单位。机构、编制、经费、领导干部职务的审批上按照下管一级的原则，实行垂直领导。