国家税务总局西藏自治区税务局是根据《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》《国务院机构改革方案》和国家税务总局关于国税地税征管体制改革的部署要求，由原西藏自治区国家税务局基础上组建成立的机构。2018年6月15日，国家税务总局西藏自治区税务局举行挂牌仪式。