西藏自治区国家税务局，设有办公室、人事处、老干部管理办公室（挂靠人事处）、税政法规处、征收管理处、财务管理处、进出口税收管理处、巡察工作办公室、监察室、机关党委办公室共10个处室。

2017年11月17日，获第五届全国文明单位称号。2018年6月15日，新组建的国家税务总局西藏自治区税务局举行挂牌仪式。