1994年7月，按照国家进行财政税收体制改革的总体部署，新疆维吾尔自治区国家税务局正式成立，为正厅级全职能局，是新疆维吾尔自治区主管国家税收工作的职能部门。

2018年6月15日，国家税务总局新疆维吾尔自治区税务局在乌鲁木齐市挂牌成立，原新疆维吾尔自治区国家税务局、新疆维吾尔自治区地方税务局正式合并。