工程质保金最终应按工程的结算价来对吗？

你好，一般都是按结算金额的5%提取质保金的。
根据财政部 、建设部颁布的《建设工程价款结算暂行办法》 （财建〔2004〕369号）第三章 、工程价款结算中的第十三条、工程进度款结算与支付中第（四）款、工程竣工价款结算规定：发包人根据确认的竣工结算报告向承包人支付工程竣工结算价款，保留5％左右的质量保证（保修）金，待工程交付使用一年质保期到期后清算（合同另有约定的，从其约定）。
5%只是个参考数字，大部分合同都是按照5%的比例扣留质保金，具体的比例是可以双方协商的。